در سال 1362 بنا به ضرورت برنامه ريزي براي دستيابي بهينه به بودجه سنواتي كشور، تسريع در جذب بودجه هاي عمراني و ساماندهي مشاغل سازماني دانشگاه، دفتر بودجه و تشكيلات دانشگاه صنعتي اصفهان تاسيس گرديد.
در سالهاي اوليه بطور مختصر فعاليتهاي مربوط به بودجه جاري و تحقيقات دانشگاهي در قالب 4 برنامه به شرح ذيل انجام مي شد :
الف- برنامه آموزش گروه فني ومهندسي به منظور تامين نيروي انساني موردنياز كشور در زمينه هاي فني ومهندسي.
ب- برنامه آموزش گروه كشاورزي ودامپزشكي به منظور تامين نيروي انساني متخصص درزمينه امور مربوط به كشاورزي .
ج_ برنامه عمليات كمك آموزشي به منظور آموزشهاي غيرتخصصي دانشجويان و تامين امكانات زيستي آنها.
د_ برنامه خدمات اداري به منظور فراهم سازي زمينه مناسب جهت عمليات آموزشي و كمك آموزشي و تامين سرويسهاي اداري و انجام خدمات مورد نياز ساير برنامه.
بودجه عمراني دانشگاه در سال1363 در قالب سه طرح و سيزده پروژه بوده است.
از بدو تاسيس دانشگاه تا سال 1362 دوبار چارت سازماني دانشگاه اصلاح گرديد و سرانجام درسال1364 پستهاي سازمان مركزي دانشگاه در چندين جلسه با حضور اعضاي هيات امناو نمايندگان سازمان امور اداري و استخدامي كشور و نمايندگان دانشگاه به تصويب رسيد.سپس بدليل افزايش تعداد دانشجو و نياز به بازنگري در سازمان كلي دانشگاه مجددا چارت سازماني دانشگاه تجديد نظر و طي جلسات متعددي توسط هيات رئيسه دانشگاه و انعكاس به سازمانهاي ذيربط نهايتا در سال 1369 با تعيين سقف پستهاي مشخص جهت تصويب به سازمان امور اداري و استخدامي ارايه گرديد. در ارديبهشت 1371 نمودار سازماني دانشگاه توسط وزير فرهنگ و آموزش عالي و دبيركل سازمان امور اداري و استخدامي كشور تصويب گرديد. با توجه به ايجاد گروههاي آموزشي جديد در دانشكده ها و احداث پژوهشكده مهندسي برق و كامپيوتر(پژوهشكده فناوري اطلاعات و ارتباطات فعلي )، نهايتا نسخه قابل استناد مجموعه هدف، وظايف و پستهاي سازماني دانشگاه صنعتي اصفهان با آخرين تغييرات و اصلاحات تا آذرماه سال 1375 منتشر گرديد.با عنايت به تغييرات گسترده در ساختارو تشكيلات دانشگاه و پس از چندين جلسه تخصصي و مشورتي از سال 1395 تا پايان سال 1396 آخرين نمودار سازماني در سال 1397 به تصويب هيات امنا رسيد.